1790年、神田湯島に設立された江戸幕府直轄の教学機関・施設で、1605年に林羅山が徳川家康に仕えた後、1630年、家光が上野に林家の家塾が建てられました。これを起源として、1690年、将軍綱吉が神田湯島に聖廟を建設し、林家塾を移しました。

1790年、幕府が朱子学を奨励すると、林家の家塾とする従来の位置づけが改められ、1979年、幕府の直轄教育機関として昌平坂学問所が設立されました。